Masters
Automatique robotique
Biologie de la conservation / Biological conservation
Biologie - Santé
Chimie
Electronique, énergie électronique, automatique
Génie mécanique
- Eco-conception de produits
Formation ouverte à l'alternance en contrat de professionnalisation et en contrat d'apprentissage
- Procédés et matériaux
Formation ouverte à l'alternance en contrat de professionnalisation et en contrat d'apprentissage
Géoressources, géorisques, géotechnique
- Géologie appliquée
Cursus Master en Ingénierie (CMI), optionnel et sélectif
Formation ouverte à l'alternance
en contrat de professionnalisation et en contrat d'apprentissage 
Informatique
Mathématiques
Mathématiques appliquées, modélisation
- Modélisation statistique
Formation ouverte à l'alternance en contrat de professionnalisation et en contrat d'apprentissage
- Magistère de Mathématiques de Besançon

- Préparation à l'agrégation
(pour les étudiants déjà titulaires d'un master)
- Mathématiques
Mécanique
Physique
Sciences de l'eau